成立宗旨
碩士班於九十學年度 (2001年)成立。
博士班於九十五學年度 (2006年)成立。
醫學科技研究所於2009年與本所合併。
- 奠定本校在生物醫學領域的基礎
本校獲教育部「五年五百億頂尖大學計畫」補助，本所師生積極參與，負責「分子醫學」分項計畫的執行。
- 參與本校在生物科技領域的整合
本所配合本校生物科技發展中心，申請加入教育部第三階段尖端生物技術科技人才培育計劃，爭取本校成為教育部「基因體與蛋白質體醫學」資源中心之夥伴學校，設立「生物晶片核心實驗室」、「醫用生物技術核心實驗室」、及「生物技術學核心實驗室」。
- 促進本校與其他醫學相關機構的合作
本所協助本校推動與醫學相關機構的合作，於九十一年起與台中榮民總醫院共同推動「榮興合作計劃」，並於九十五年與台中榮民總醫院、國家?生研究院、及中國醫藥大學簽訂合作協議書。
- 推動本所之專業研究的發展
本所現階段的發展重點為「癌症研究」，而教育目標的制定及落實，將有助於本所發展重點的推動。
發展方向
本所目前的研究重點著眼於癌症醫學領域，癌症是全世界最重要的疾病之一，集中資源發展此領域可以為成立醫學院(或生醫學院)奠定良好基礎。未來，本所也可以結合本校在動植物生物科技上的既有優勢，發展具特色的醫藥生物科技。
教育目標
一、培育具獨立思考，創新與研究能力之(生醫)科技人才
- 聘請高素質的師資，以啟發學生創新與研發能力
- 論文指導教師的悉心指導
- 由全體師生共同參與學生論文研究的進度報告
- 邀請校外專家演講
- 鼓勵學生參與國內外相關學術研討會
二、提供從事生物醫學領域研究的知識與技能
- 核心課程的設計，以強化學生的專業智能
- 教學核心設施的建立
- 英文文獻探討課程的開設
- 英文論文寫作課程的開設
- 每週實驗室會議的舉行
三、建立多元價值與國際觀
- 邀請國內外專家演講
- 鼓勵學生多閱讀高影響力的全球性刊物，如「時代雜誌」等。
- 定期舉行師生座談或聚餐，促進不同實驗室間的交流及相互學習
四、培養團隊合作精神與溝通協調整合能力
- 參與教師研究計畫形成研究團隊，從中培養團隊合作精神與溝通協調整合能力。
- 由學生共同分擔本所共同儀器的管理及共同區域的清潔。
五、培養終身學習能力
- 透過論文研究的訓練，培養學生主動求知、積極解決困難的態度，進而培養學生的終身學習能力。
- 在評估學生學習成效上，經由問題的設計，讓學生必須收集資料、彙整資料，並做出自己的論述。
歷史沿革及現況
現有教師九名 (教授七名，副教授一名，助理教授一名)。
合聘教師五名 (教授三名，副教授二名)。
兼任教師二名 (副教授一名，助理教授一名)。
現有約聘職員一名。
現有學生56名(博士班26名，碩士班30名)。
一零六學年度預計招收碩士班學生18名，博士班學生8名。
願景
- 生醫所為校內唯一與生物醫學相關的研究所，創所初期由於人力及相關資源較少，為能集中資源發展重點領域並展現本所特色，將癌症研究列為本所的發展重點，其中又以肺癌為主。若未來能獲學校核撥額外員額，不排除提出第二項發展重點，例如神經科學領域；當然也會考慮配合國家當前的生醫產業政策，網羅適當的人才，以擴展本所的發展廣度，例如生技製藥相關領域師資。
- 由於本校並無醫學相關學院或系所，不利於爭取醫學研究相關資源；此外，為使本校成為一完整的研究型綜合大學，目前正朝向成立生物醫學院(或醫學院)的目標努力中。