成立宗旨
碩士班於九十學年度 (2001年)成立。
博士班於九十五學年度 (2006年)成立。
醫學科技研究所於2009年與本所合併。
奠定本校在生物醫學領域的基礎
本校獲教育部「五年五百億頂尖大學計畫」補助，本所師生積極參與，負責「分子醫學」分項計畫的執行。
參與本校在生物科技領域的整合
本所配合本校生物科技發展中心，申請加入教育部第三階段尖端生物技術科技人才培育計劃，爭取本校成為教育部「基因體與蛋白質體醫學」資源中心之夥伴學校，設立「生物晶片核心實驗室」、「醫用生物技術核心實驗室」、及「生物技術學核心實驗室」。
推動本所之專業研究的發展
本所之專業研究發展以生物醫學之整合性研究為核心，早期以癌症研究為主要發展重點，並已建立穩固之研究基礎。現階段在持續深化癌症相關研究之同時，逐步拓展至免疫與發炎疾病、代謝疾病、神經科學及微生物與宿主交互作用等領域，形成多元且具跨領域整合特色之研究架構。透過教育目標之規劃與落實，強化研究與人才培育之連結，以提升本所整體研究能量與學術影響力。
發展方向
本所之發展方向以生物醫學研究之多元整合為核心，早期以癌症醫學為主要發展重點，並已累積相當之研究基礎與能量。現階段在持續深化癌症相關研究之同時，逐步拓展至免疫與發炎疾病、代謝疾病、神經科學及微生物與宿主交互作用等領域，形成具跨領域整合特色之研究體系。
在研究策略上，強調基礎機制與應用導向並重，結合分子與細胞層級研究、動物模式及臨床相關議題，提升研究成果之轉譯潛力與實際應用價值。此外，亦將整合本校既有之動植物生物科技優勢，發展具特色之醫藥生物科技，強化創新研發與產學連結能量。
整體而言，本所將持續朝向整合性生醫研究發展，強化特色領域之深度與跨領域合作之廣度，以提升研究品質與國際競爭力。
教育目標
一、培育具獨立思考，創新與研究能力之(生醫)科技人才
- 聘請高素質的師資，以啟發學生創新與研發能力
- 論文指導教師的悉心指導
- 由全體師生共同參與學生論文研究的進度報告
- 邀請校外專家演講
- 鼓勵學生參與國內外相關學術研討會
二、提供從事生物醫學領域研究的知識與技能
- 核心課程的設計，以強化學生的專業智能
- 教學核心設施的建立
- 英文文獻探討課程的開設
- 英文論文寫作課程的開設
- 每週實驗室會議的舉行
三、建立多元價值與國際觀
- 邀請國內外專家演講
- 鼓勵學生多閱讀高影響力的全球性刊物，如「時代雜誌」等。
- 定期舉行師生座談或聚餐，促進不同實驗室間的交流及相互學習
四、培養團隊合作精神與溝通協調整合能力
- 參與教師研究計畫形成研究團隊，從中培養團隊合作精神與溝通協調整合能力。
- 由學生共同分擔本所共同儀器的管理及共同區域的清潔。
五、培養終身學習能力
- 透過論文研究的訓練，培養學生主動求知、積極解決困難的態度，進而培養學生的終身學習能力。
- 在評估學生學習成效上，經由問題的設計，讓學生必須收集資料、彙整資料，並做出自己的論述。
歷史沿革及現況
專任教師八名 (教授七名，副教授一名)。
合聘教師九名 (教授七名，副教授一名，助理教授一名)。
兼任教師三名 (助理教授三名)。
約聘職員一名。
現有學生60名(博士班24名，碩士班36名)。
115學年度預計招收碩士班學生20名，博士班學生5名。
願景
本所為本校推動生物醫學研究與人才培育之重要單位，近年隨著師資逐步充實與研究領域拓展，發展方向已由早期聚焦單一癌症主題，轉為多元且具整合性的生醫研究架構。
目前本所研究重點依據教師專長，涵蓋腫瘤生物學、免疫學與發炎疾病、天然物藥物開發、代謝疾病、神經科學，以及微生物與宿主交互作用等領域。研究內容兼具基礎機制探討與應用導向，並重視跨領域整合，結合分子與細胞層級研究、動物模式及臨床相關議題，以提升研究成果之實質應用價值。
未來本所將持續配合學校整體發展及國家生醫政策，延攬具潛力之師資，並逐步強化研究深度與廣度，朝向精準醫療與創新治療策略等方向發展，期能建立具特色之生物醫學研究與教學環境。